Der Ursprung der Scientology liegt in den 1930er-Jahren, als L. Ron Hubbard – der Amerikaner, der zum Gründer der Scientology werden sollte – den Osten bereiste und sich fragte, warum der Mensch ein solch kümmerliches Leben führt. Als er als junger Mann die Frage stellte, woher der Mensch komme und wohin der Mensch gehe, war niemand in der Lage gewesen, seine Fragen zu beantworten.
In den 1950er-Jahren schrieb L. Ron Hubbard ein Buch zu einem Thema, das er Dianetics („durch den Verstand“) nannte. Dabei handelte es sich um Mr Hubbards frühe Forschungen über den Verstand. Das Buch Dianetik: Der Leitfaden für den menschlichen Verstand war sehr populär und wurde schnell zu einem Bestseller. Bis heute wurden über 17 Millionen Exemplare verkauft. Da die Dianetics Bewegung wuchs und sich die Forschung auf dem Gebiet des Verstandes weiterentwickelte und dabei das Gebiet des Geistes erreichte, entstand ein weiteres Fachgebiet – die Scientology –, und so wurde 1954 die erste Kirche in den Vereinigten Staaten gegründet. Kurz danach kam Dianetics zum ersten Mal nach Japan, aber die erste formelle missionarische Expansion der Scientology nach Japan fand erst 1962 statt und machte diesen Zeitpunkt zum Beginn der Geschichte der Scientology in Japan. Am 10. September 1962 fand in einem vollbesetzten Hörsaal die erste offizielle Vorlesung zum Thema Scientology statt.
Das Wort „Scientology“ setzt sich zusammen aus dem lateinischen Wort scio, „Wissen – im wahrsten Sinne des Wortes“, und dem griechischen Wort logos, die „Lehre“.
In dem Buch Scientology: Die Grundlagen des Denkens führt Mr Hubbard aus, dass die Thematik eigentlich aus den Wurzeln der Psychologie stammt, wir uns aber darüber klar sein müssen, dass es sich dabei nicht um die gegenwärtige Psychologie handelt, sondern um eine ältere Psychologie, die in den Weltreligionen gelehrt wurde, bevor diesem Lehrgebiet im letzten Jahrhundert die spirituelle Essenz entzogen wurde.
Psychologie bedeutet im eigentlichen Sinne des Wortes „die Studie des Geistes“. Die heutige Psychologie hat diese Bedeutung verloren und befasst sich nicht mehr mit dem Geist als solchem, bzw. erkennt ihn nicht mehr als ein Studiengebiet an. In diesem Punkt unterscheidet sich die Scientology völlig, da sie, wie die meisten der großen Weltreligionen, sich in der Tat mit dem Studium des Geistes befasst.
Die Religionen akzeptieren im Allgemeinen, dass der menschliche Geist mit der großen „Lebenskraft“ des Universums in Beziehung steht. Das Wort „Geist“ lässt sich allerdings nur schwer definieren. Einige Stimmen würden sicher davon ausgehen, dass es sich bei einem Geist oder geistigen Wesen um den menschlichen Verstand handelt. In der Scientology bedeutet der Begriff „Geist“ jedoch „man selbst“, und das bedeutet weitaus mehr als nur den Verstand. In einer der japanischen Shinto-Religionen, Seicho-no-Ie, ist das so ausgedrückt, dass man es mit „das Kind Gottes“ übersetzen kann. Das würde den japanischen Worten „hime“ oder „hiko“ entsprechen. In der Scientology hat Mr Hubbard das Wort „Thetan“ für „Geist“ geprägt, in Anlehnung an das Griechische, da kein anderes Wort die Vorstellung korrekt wiedergab.
Die Religionen akzeptieren im Allgemeinen, dass der menschliche Geist mit der großen „Lebenskraft“ des Universums in Beziehung steht. Einige Stimmen würden sicher davon ausgehen, dass es sich bei einem Geist oder geistigen Wesen um den menschlichen Verstand handelt. In der Scientology bedeutet der Begriff „Geist“ jedoch „man selbst“, und das bedeutet weitaus mehr als nur den Verstand.
Neue Wörter zu prägen, um neue Vorstellungen zu erklären, für die keine Wörter existieren, ist in der Religion nicht neu. In Japan hat Meister Kobodaishi, der Gründer von Shingon (einer sehr alten und traditionellen, großen esoterischen buddhistischen Sekte), viele Wörter geprägt, die entwickelt werden mussten, damit die Religion praktiziert werden konnte.
Dennoch wurde in der Scientology kein neues Wort für Gott geprägt. Obwohl der Bezugsrahmen „Gott“ nicht zu den scientologischen Studien gehören mag und die Mitglieder wahrscheinlich ihre eigenen Ideen darüber haben, was dieser Begriff bedeutet oder nicht, lauten die dafür benutzten Worte das „Höchste Wesen“, das „Unendliche“, die „Gesamtheit aller Dinge“, der „Urheber des Universums“ und selbstverständlich „Gott“.
Im Unterschied zu einigen anderen Religionen hat die Scientology kein bestimmtes Dogma zu der Vorstellung „Gott“, sondern sie lässt die Person ihre eigene Auffassung über die Natur der Dinge entwickeln sowie darüber, wo ihr eigener Platz im Universum ist. Daraus mag sich dann Glaube entwickeln. Die Studenten der Scientology scheinen daher nicht nur aus allen Gesellschaftsschichten und Nationalitäten zu kommen, auch ihre religiöse Herkunft ist äußerst unterschiedlich. In Japan und im Osten ist es durchaus üblich, mehr als einer Religion anzugehören. In Fortführung dieser Tradition geben einige der japanischen Studenten daher nicht ihre anderen Religionen auf, sondern sie benutzen nach Auffassung des Verfassers ihr Studium der Scientology dazu, um ihr vorheriges Religionsbekenntnis und ihren Glauben an Gott zu verstärken. Diese Art des Vorgehens ähnelt ein wenig den Praktiken der relativ neuen Shinto-Religion, Seicho-no-Ie, deren Anhänger auch vom Buddhismus, Christentum und anderen Religionen kommen.