Wenn nach der Reformation abweichende Formen des christlichen Glaubens eine stabile Anhängerschaft gewannen und als neue religiöse Bewegungen in Erscheinung traten, begegnete ihnen fast immer extreme Intoleranz. Die Hutterer, ursprünglich in Tirol entstanden, wurden wiederholt gewaltsam niedergeschlagen und schrittweise gezwungen, quer durch Mitteleuropa von einer Ansiedlung zur nächsten zu fliehen. Die Quäker erlitten im späten 17. Jahrhundert ständige Drangsalierung und viele von ihnen wurden wegen ihres Glaubens inhaftiert. Die frühen Methodisten des 18. Jahrhunderts wurden häufig schikaniert und einige ihrer Kapellen niedergebrannt. Die örtlichen Ordnungskräfte und Magistrate waren nicht selten Teil solcher Nachstellungen, wobei sie den Pöbel zu Aktivitäten ermunterten und diese gesetzestreuen Glaubensbrüder eher als Täter sahen denn als Opfer. Im England des späten 19. Jahrhunderts hatten die frühen Anhänger der Heilsarmee ähnliche Feindseligkeiten zu erdulden. In einem einzigen Jahr wurden über 600 ihrer „Soldaten“ Opfer von Tätlichkeiten durch „Raufbolde“, die nach Überzeugung der Mitglieder der Heilsarmee von der einflussreichen Brauindustrie animiert wurden. Demgegenüber wurde innerhalb weniger Jahre eine ähnliche Zahl des Personals der Heilsarmee unter solch dubiosen Vorwürfen und vielleicht sogar Scheinanklagen wie des Blockierens von Fernstraßen inhaftiert. In der Schweiz wurden sie in den 1890er-Jahren wegen Betrugs und finanzieller Ausbeutung angeklagt. Diese Anklagepunkte waren denen ähnlich, die früher im selben Jahrhundert gegen die Missionare der Mormonen in Skandinavien vorgebracht worden waren.
Im frühen 20. Jahrhundert wurde der Widerstand gegen einige neue Religionen in unterschiedlicher Form zum Ausdruck gebracht: Die Christliche Wissenschaft wurde erbittert angeprangert, sowohl wegen ihres Anspruchs auf Geistheilung als auch wegen ihrer Leugnung der Realität von Materie. Aber die Ächtung war vor allem literarischer Natur und reichte von der Satire eines Mark Twain bis zu dem ernsthaften Angriff des angesehenen Historikers
All diesen Beispielen ist die Tatsache gemein, dass all diese ungerecht behandelten Sekten zu ihrer Zeit Bewegungen relativ neuer Minderheitsreligionen waren. Weil sie der einen oder anderen Vorschrift der etablierten Religion zu widersprechen beliebten oder sich entschieden, ihre eigenen Auffassungen des göttlichen Wesens, der Erlösung und der Gottesverehrung zu unterhalten, oder weil sie die Normen der zeitgenössischen weltlichen Gesellschaft herausforderten, wurden sie zum Ziel von Misstrauen und als Katalysator gesellschaftlicher Zerrüttung angesehen.