Die Scientology Kirche ist eine religiöse Gemeinschaft mit einer hierarchischen Organisation und Leitung. Auf der untersten Stufe sind die Feldauditoren und die von ihnen geleiteten Dianetics Gruppen. Die nächste Stufe umfasst die Scientology Missionen, die grundlegende Dianetics- und Scientology-Dienste erbringen. Diese sind eine Art von Missionsstelle, deren Ziel das Erreichen neuer Mitglieder ist. Wenn eine Missionsstelle größer wird und ihre Aktivitäten ausbreitet, dann wird sie für gewöhnlich eine Scientology Kirche. Die Seelsorger der Scientology Kirche helfen ihren Gemeindemitgliedern bei Ehe-, Familien- oder anderen Problemen und führen die religiösen Rituale der Scientology durch, wie Namensgebung, Hochzeiten und Beerdigungen. Sie halten auch den wöchentlichen Sonntagsgottesdienst ab.
Saint Hill Organisationen sind zentrale Kirchen, die sich auf höhere Stufen der Auditorenausbildung spezialisieren. Solche zentralen Kirchen befinden sich in Los Angeles, Sydney, East Grinstead in England und Kopenhagen. Der spirituelle Hauptsitz der Scientologen weltweit befindet sich in der Flag Service Organisation in Clearwater in Florida, welche die höchsten religiösen Dienste erbringt. Die Flag Ship Service Organisation erbringt das höchste Auditing (OT VIII). Diese Ausbildung findet an Bord des Schiffes Freewinds in der Karibik statt.
Die Funktion der Mutterkirche wird von der Church of Scientology International in Los Angeles ausgeübt, wo z. B. die Pläne für weltweite Missionskampagnen gemacht werden, Ausbildungsmaterialien zusammengestellt werden und wo Hubbards religiöse Werke in viele Sprachen übersetzt werden.
